Высшим органом ВТО является Министерская конференция, объединяющая представителей всех участников организации. Сессии конференции проходят не реже одного раза в два года, на которых обсуждаются и принимаются решения по принципиальным вопросам, связанным с пакетом соглашений Уругвайского раунда.

Первая конференция состоялась в декабре 1996 г. в Сингапуре, на которой, в частности, было принято Соглашение по либерализации торговли в области информационных технологий (ИТА).
Вторая - в мае 1998 г. в Женеве, где подводились основные итоги пятидесятилетней деятельности ГАТТ/ВТО и было принято решение о подготовке к новому раунду многосторонних торговых переговоров .

Третья Министерская конференция состоялась в ноябре-декабре1999г. в Сиэтле (США) и была посвящена анализу выполнения (имплементации) странами-членами соглашений Уругвайского раунда, а также открытию нового раунда МТП. В рамках очередного раунда планировалось начать переговоры прежде всего по тем вопросам, которые не удалось решить в ходе Уругвайского раунда и рассмотрение которых было отложено до следующих этапов МТП (т.н. «встроенная повестка» дня). Речь шла о таких вопросах, как сельское хозяйство, торговля услугами и др., Также в ходе нового раунда предстояло выработать рекомендации по перспективам деятельности ВТО с учетом решений предыдущих Конференций, в т.ч. возможному включению новых сфер в повестку будущих переговоров.

Формально в Сиэтле не удалось достичь поставленных целей, т.к. не были выработаны конкретная повестка раунда и формат его проведения. Это было обусловлено наличием серьезных противоречий между промышленно развитыми государствами и развивающимися странами как по принципиальным проблемам в целом, так и по новым сферам, в частности. Выявились значительные разногласия и между ведущими игроками ВТО - ЕС, США, Япония, Канада (так называемая группа «квадро»), - стратегические подходы которых к проведению нового раунда оказались различными.

В итоге было принято решение продолжить обсуждение данных проблем в Женеве под эгидой Генерального совета ВТО, который должен был представить свои предложения по проведению нового раунда. В рамках соответствующих Комитетов ВТО весной 2000 г. началось обсуждение некоторых вопросов «встроенной повестки» Уругвайского раунда. В 2000-2001гг. проходило также рассмотрение предложений стран-членов относительно эволюции некоторых Соглашений ВТО, а также о других сферах деятельности организации. С учётом остающихся противоречий между различными группами государств и отдельными странами-членами ВТО, работа строилась на поиске компромиссных решений.

9-13 ноября 2001 г. в г.Доха (Катар) состоялась четвертая Министерская конференция. В Дохе было принято решение начать новый раунд многосторонних торговых переговоров – первый раунд в рамках ВТО. Он получил название «Раунд развития». В программу переговоров включены вопросы, связанные с развитием, уточнением и дополнением действующих Соглашений ВТО, а также традиционные вопросы снижения торговых барьеров. Кроме того, в программу вошли и вопросы «встроенной повестки». Особое место в программе переговоров заняли вопросы снижения поддержки сельского хозяйства в развитых странах.

Пятая Министерская конференция состоялась 10-14 сентября 2003 г. в г.Канкун (Мексика). На ней предполагалось подвести промежуточные итоги МТП и определить формат их дальнейшего продолжения. Однако из-за наличия глубоких разногласий между различными группами государств, прежде всего по проблемам сельского хозяйства и т.н. “сингапурским вопросам” (правила конкуренции, инвестирование, транспарентность в правительственных закупках , упрощение торговли) конференция закончилась практически безрезультатно. Неудача конференции в Канкуне нарушила первоначально установленные сроки окончания переговоров Доха раунда – 1 января 2005 г. В июле 2004 г. в Женеве между членами ВТО было достигнуто рамочное соглашение о продолжении переговоров Доха раунда, в частности, было зафиксировано общее согласие относительно ликвидации экспортных субсидий в сельском хозяйстве.

Шестая Министерская конференция стран-членов ВТО состоялась 13-18 декабря 2005 г. в Гонконге. Гонконгская конференция сыграла роль промежуточного этапа на пути выработки полномасштабных договоренностей Доха-раунда. Принятая в ходе напряженных переговоров Министерская декларация закрепляет достигнутый прогресс на переговорах и пределяет ориентиры работы по обеспечению завершения раунда в 2006 г. По итогам конференции были приняты следующие важные решения:

Экспортные субсидии в сельском хозяйстве подлежат отмене к 2013 г.;
Хлопковые субсидии подлежат отмене в 2006 г.;
К 2008 г. развитые страны (ОЭСР) обязаны обеспечить свободный доступ на свои рынки для 97% товаров из 32 наименее развитых стран;
Российская делегация использовала свое участие в конференции в Гонконге для интенсивного продолжения переговоров о присоединении к ВТО. С рядом стран были подписаны протоколы о завершении двусторонних переговоров.